Вы можете запускать программу при старте системы, при этом в системном трее появляется иконка программы, щелкнув левой кнопкой мышки по которой или использовав контекстное меню можно запустить программу.

Что бы использовать эту возможность необходимо запускать программу с параметром tray

То есть строка запуска программы будет выглядеть так:

 java -jar DiaCalcJ.jar tray

или

 javaw -jar DiaCalcJ.jar tray

Эта возможность позволяет максимально быстро выводить программу на экран, т.к. инициализация программы и построение интерфейса происходит лишь первый раз.

Если запускать программу без параметра tray, то она будет работать в обычном режиме.

Если у вас иконка выглядит так

То скорее всего вы используете «старую» систему, в этом случае используйте дополнительный параметер - old
Строка запуска будет в этом случае выглядеть так:

 javaw -jar DiaCalcJ.jar tray old

Свойства ярлыка в системе Windows должны выглядеть примерно так:

Если поместить этот ярлык в автозапуск, адрес к нему будет выглядеть примерно так:

 
 C:\Documents and Settings\Константин\Главное меню\Программы\Автозагрузка

в этом случае программа будет загружаться при старте системы.